De væsentlige magtgrupper efter kirkens fald som godsejermagt med reformationen var adel og konge. Men med en stadig stærkere kongemagt, og perioden slutter med, at adelen mistede sin magt ved enevældens indførelse.

Mindst 80% af befolkningen boede på landet. Det meste af jorden blev dyrket på ca. 75.000 bondegårde, d.v.s. stort set familiebrug, hvor familien kunne drive gården alene eller sammen med ganske få tjenestefolk. Efter reformationen steg befolkningens størrelse markant. I Midt- og Vestjylland gennemførte man ofte uformelle delinger af gårdene, men i resten af landet var hovedreglen, at gårdene forblev udelte. Og man opførte her i stedet små, næsten jordløse huse til de uheldige, der ikke fik gården. Bondestanden blev på den måde i praksis delt i to sociale lag: gårdmændene og husmændene, en betegnelse for bønder uden eller kun meget lidt jord. Omkring 1660 var gårdmændene dog stadig i flertal.

Bønderne boede i landsbyer, hvorh ver bonde havde sine egne marker, spredt i mange stykker rundt om landsbyen. Det var basis i landsbyfællesskabet, hvor alle gårdmænd mødte på et bystævne og traf de nødvendige beslutninger om den fælles kvæg- og jorddrift. I Bøstrup ser man stadig tydeligt markeret denne struktur i fortidens landsbyer.

De fleste bønder ejede ikke deres gårde selv, men var fæstebønder under en adelsmand, en godsejer, kongen eller en kirkelig institution, hvis gods efter reformationen blev overtaget af kronen. Efter Grevens Fejde blev en del jyske selvejerbønder gjort til fæstere, så antallet af selvejere, det vil sige bønder der ejede deres gård selv, nu var under 10% på landsplan. Andelen af selvejere faldt til omkring 6% i 1651. Kongen var godsejer for ca. halvdelen af landets fæstebønder, mens de fleste andre hørte under adelige godsejere.

Fæstebønderne betalte faste årlige afgifter, landgilde, til deres godsejer. De var også forpligtede til at arbejde for godsejeren, dvs. til at gøre hoveri, som især på krongodset kunne betales med penge i stedet. Godsejeren var bøndernes ?herskab?, hvilket bl.a. betød, at godsejeren havde såkaldt hals- og håndsret (politi- og straffemyndighed) over sine bønder. Han skulle derfor opretholde lov og orden blandt dem, men han skulle også beskytte dem mod krav og overgreb fra udenforstående. Godsejerne levede på deres herre- eller hovedgårde, som de drev for egen regning, hovedsageligt ved hjælp af bøndernes hoveri. Dog var endnu midt i 1500-tallet de fleste hovedgårde ret små og hoveriet moderat. Fra slutningen af 1500-tallet voksede herregårdsmarkerne og bønderne blev pålagt mere hoveri. Til gengæld blev landgilden ikke forhøjet i denne periode, selv om tiderne var gode. Det var først, da staten også begyndte at kræve stigende skatter midt i 1600-tallet, at bøndernes vilkår for alvor begyndte at forværres.

Frem til omkring 1640 var priserne på landbrugsvarer stigende, og dansk landbrug havde en blomstrende eksport af korn og stude. Bondegårdene var så store, at bønderne havde korn eller andre produkter at sælge, og godsejerne fik korn både fra deres egne marker og som landgilde fra bønderne. Studene blev fedet op på bondegårdene de første tre-fire år, men blev så i reglen solgt til godsejerne, der gav dem et kraftigt foder det sidste år, før de blev solgt til eksport og vandrede sydpå.